Mặc dù tính độc lập và quyền tự trị của các giáo phận là đặc điểm của cấu trúc tổ chức và văn hóa bản địa của Chính thống giáo, hầu hết các giáo phận này đều hiệp thông với nhau. Gần đây, các mối quan hệ đã được phục hồi giữa Giáo hội Chính thống ngoài Nga và Thượng phụ Moskva, hai cộng đồng này của Chính thống giáo Nga đã tách rời khỏi nhau từ thập niên 1920, do các lý do chính trị trong thời Soviet.

Những bất đồng ngấm ngầm vẫn tồn tại trong vòng các giáo hội cấp quốc gia, một phần là do sự khác biệt trong lập trường đối với Phong trào Đại kết. Trong khi Thượng phụ thành Constantinopolis và các Giám mục ở Bắc Mỹ tập hợp xung quanh Hội đồng Giám mục Chính thống giáo Mỹ thì các Giám mục România mở các cuộc đàm phán với Giáo hội Công giáo Rôma. Mặt khác, nhiều người, trong đó có các tu sĩ Núi Athos, các Giám mục Nga, Serbia, cùng các chức sắc Hy Lạp và Bulgaria xem phong trào đại kết là một sự thỏa hiệp về thần học. Thay vì vậy, theo họ, Chính thống giáo nên rao giảng chân lý trong tình yêu thương và lưu giữ truyền thống linh thiêng hầu có thể lôi kéo các tín hữu thuộc các giáo phái khác nhau đến với đức tin Chính thống giáo.

Hiện nay, Chính thống giáo Đông phương có khoảng từ 250 tới 300 triệu tín hữu.